De leden van NEDU vertegenwoordigen vijf verschillende marktrollen: leveranciers, regionale netbeheerders, landelijke netbeheerders, programmaverantwoordelijken en meetverantwoordelijken. In het bestuur van NEDU heeft iedere marktrol recht op minimaal één zetel. De besluitvorming binnen de vereniging vindt plaats in de Algemene Ledenvergadering (ALV) van NEDU, die eens in de zes weken bij elkaar komt.

Commissies
NEDU kent drie commissies die zich bezighouden met het voorbereiden van voorstellen tot wijziging van de Informatiecode Elektriciteit en Gas: de Issuecommissie Klant, de Issuecommissie Wholesale Gas en de Issuecommissie Wholesale Elektriciteit. Ter ondersteuning van deze commissies is er een adviserende Technische Commissie die zich richt op het verbeteren van het berichtenverkeer en een Security Commissie die als doel heeft om te komen tot sectorbrede standaarden op het gebied van informatiebeveiliging. De uitvoering van voorstellen wordt door de Commissie Sectorplanning voorbereid in een meerjarenplanning. Alle voorstellen worden vastgesteld door de ALV.

NEDU Bureau
Het NEDU Bureau ondersteunt de verschillende gremia binnen NEDU. Daarnaast is het NEDU Bureau uitvoerend verantwoordelijk voor het opstellen van specificaties zoals het Marktprocesmodel, Detailprocesmodel, berichten en de Informatiecode. Om de marktpartijen te ondersteunen bij het formuleren van oplossingen voor geconstateerde problemen is het NEDU Bureau de neutrale adviseur tussen de partijen. Ook zorgt het NEDU Bureau voor het opstellen van rapportages voor de voortgangscontrole.

EDSN
EDSN is de uitvoeringsinstantie voor de facilitering van de vrije energiemarkt in Nederland.